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手工纸板显微镜和手工制作的显微镜都是利用手工制作的方式来制作显微镜，但它们之间存在一些差异。
手工纸板显微镜主要是利用纸板作为主要材料来制作显微镜的外壳和支撑结构，这种显微镜的制作过程相对简单，可以使用纸板进行切割、折叠和组装，然后搭配一些透镜、镜头和其他光学元件来形成显微镜的观测系统，手工纸板显微镜适合用于教育、科普和简单的观察需求，可以方便地将它带到户外或进行移动观测。
而手工制作的显微镜则更为复杂和精细，需要更多的材料和工具来完成，除了需要光学元件和透镜外，还需要金属、塑料、木材等其他材料来制作显微镜的机械部件，如镜头座、调节轮、载物台等，手工制作显微镜需要一定的光学知识和机械加工技能，以确保制作出的显微镜具有清晰的成像效果和稳定的结构，这种显微镜适合对显微观测有更高需求的专业人士或爱好者。
手工纸板显微镜是一种简单、方便的制作方式，适合用于教育和科普；而手工制作的显微镜则更为复杂和精细，需要更高的技能和专业知识，无论选择哪种方式，都需要对光学原理和机械制作有一定的了解，以确保制作出的显微镜具有良好的性能。